Con la muerte de Enrique Egás en 1534 y de Pedro López en 1539 se comienza la búsqueda de un arquitecto que continúe con los trabajos realizados hasta el momento. Hasta la fecha se había levantado parte de la cabecera, el deambulatorio, así como la portada y galería que une la iglesia del Sagrario con la Catedral por la zona del Patio de los Naranjos. Fray Martín de Santiago y Diego de Vergara son los designados por el Obispo Bernardo Manrique. En el periodo de 1551-1582 tan sólo hay un único Maestro Mayor, Diego de Vergara, al que sucede su hijo en 1588 (año en que se paralizaron las obras). Durante este último periodo se realizan los brazos del crucero, se da por terminada la Capilla Mayor, se hace la Antesacristía y se inician los cimientos de una supuesta Sacristía que nunca se concluiría.
