Al año siguiente de la inauguración oficial se improvisa una solución por la cual la sillería de la antigua Mezquita-Catedral se acopla a un espacio del templo nuevo. Tras varias quejas del Cabildo, García de Haro encarga en el año 1592 la construcción del coro a Hernán Ruiz III con la condición de que siguiese lo proyectado por Diego Vergara. Se comienza a levantar el coro sin respetar los cimientos que ya estaban hechos. Estos desacuerdos llegan al Rey Felipe II que manda paralizar las obras en el año 1594. Tras una época gris con grandes dificultades económicas, Pedro Díaz recoge el testigo y continúa la obra hasta su finalización en 1631. Fruto de este periodo es también el gran facistol, el tabernáculo y los púlpitos.
