Tras la capitulación de Málaga, un cúmulo de motivos religiosos, ideológicos y materiales motivarán las constantes obras y ampliaciones que sufrirá la Mezquita-Catedral en los primeros años del siglo XVI. La escasa documentación desvela la existencia de cuatro espacios: la Capilla Mayor, la de las Reliquias, el Coro y la Sacristía. En el año 1518, la tendencia a seguir las pautas marcadas por los obispos de transformar la Mezquita se sustituye por la necesidad de crear una Catedral totalmente nueva, y así se hace llegar al Rey. El plan de obra de estilo gótico surgiría en 1524. Tras el cuantioso gasto derivado de la construcción de la que sería la entrada principal (la portada gótica del Sagrario) y ciertos problemas con la expropiación de algunos de los terrenos necesarios, las obras se paralizan.
