La Capilla Mayor es el corazón del templo, el principal espacio sacro de la Catedral. En lo que se refiere a su estructura, se aprecia una planta semi-decagonal delimitada por seis pilares unidos por trozos de entablamento corridos que se sostienen por arcos de medio punto. El espacio se abre en dos niveles ricamente dorados que rodean al tabernáculo, situado en la parte central.
El encargado de desarrollar el programa decorativo de este espacio y dotarlo de simbolismo fue el pintor italiano Césare Arbassia.
“ La Capilla Mayor es el corazón del templo, el principal espacio sacro de la Catedral ”
En el nivel bajo, en torno al tabernáculo, se observan las pinturas de Arbassia que recogen escenas de la Pasión de Cristo: Jesús en casa de Anás, Oración en el Huerto, Última Cena, Jesús ante Pilatos y la Flagelación.
Sobre el friso, los bustos de los Padres de la Iglesia y de los profetas y antecedentes familiares de Jesucristo. Los primeros (San Agustín, San Jerónimo, San Gregorio y San Ambrosio) interpretan y transmiten el mensaje doctrinal que Jesús trajo al mundo y, los segundos (San Juan Bautista, Abraham, Moisés y David) anuncian la llegada del Mesías.
En el nivel superior, se sitúan las figuras de cuerpo completo de una serie de mártires que derramaron su sangre por Cristo y que representan a la iglesia triunfante: San Ciriaco, San Lorenzo, San Sebastián, San Esteban, Santa Catalina, Santa Inés, Santa Eufemia y Santa Paula
Esta catequesis visual se completa con las representaciones existentes en las bóvedas del Presbiterio y el crucero. Una serie de figuras alegóricas simbolizan a las virtudes teologales, las virtudes morales y la escena de la Anunciación.
Cierran el espacio destinado a la Eucaristía dos sobrios púlpitos de mármol rojo diseñados por Fray Juan Bautista y realizados por Melchor Aguirre entre 1674 y 1677.
