La historia de la Catedral está íntimamente relacionada con la Mezquita Mayor sobre la cual fue construida, emplazada en el interior del recinto amurallado árabe. Su origen se sitúa en 1487, año en el que la ciudad de Málaga fue conquistada por las tropas castellanas. Fue entonces cuando la Mezquita Aljama se convirtió en Catedral, vistiéndose de cristiana con elementos decorativos del gótico tardío y consagrándose bajo la advocación de Santa María de la Encarnación. Este mensaje definía de modo claro las intenciones religiosas del nuevo régimen establecido bajo el poder de los Reyes Católicos, muy devotos y seguidores de María en el momento del anuncio del Arcángel San Gabriel.
